| 1 | Metroid Prime - Title Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:00 |
| 2 | Menu Select | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:43 |
| 3 | Prologue - In Orbit above Tallon IV | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:38 |
| 4 | Prologue - Samus Appears | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:09 |
| 5 | Frigate Orpheon - Outside | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:55 |
| 6 | Frigate Orpheon - Biohazard | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:37 |
| 7 | Item Acquisition Fanfare | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:07 |
| 8 | Frigate Orpheon - Inside | 山本健誌 & 久馬浩一 | 4:30 |
| 9 | Save Station / Map Station | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:36 |
| 10 | Save Station - Samus Appears | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:06 |
| 11 | Battle VS. Parasite Queen | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:47 |
| 12 | Escape Frigate Orpheon | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:02 |
| 13 | Battle Meta Ridley's Escape/Vs. Meta Ridley | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:11 |
| 14 | Tallon Overworld - Arrival Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 6:30 |
| 15 | Elevator | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:36 |
| 16 | Chozo Ruins - Intro | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:08 |
| 17 | Chozo Ruins - Depths | 山本健誌 & 久馬浩一 | 9:31 |
| 18 | Battle VS. Hive Mecha/Incinerator Drone | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:57 |
| 19 | Battle VS. Hive Mecha/Incinerator Drone (No Intro) | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:43 |
| 20 | Minor Item Acquisition Fanfare | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:05 |
| 21 | Chozo Ruins - Main Plaza (A) | 山本健誌 & 久馬浩一 | 6:42 |
| 22 | Chozo Ruins - Main Plaza (B) | 山本健誌 & 久馬浩一 | 6:31 |
| 23 | Battle VS. Plated Beetle/Sheegoth/Cloaked Drone | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:24 |
| 24 | Puzzle Solved | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:03 |
| 25 | Chozo Ruins - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 8:18 |
| 26 | Chozo Ruins - Puzzle Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:50 |
| 27 | Battle VS. Flaahgra | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:47 |
| 28 | Magmoor Caverns - Intro | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:41 |
| 29 | Magmoor Caverns - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 4:39 |
| 30 | Phendrana Drifts - Intro | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:04 |
| 31 | Phendrana Drifts - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 7:29 |
| 32 | Phendrana Drifts - Chozo Ice Temple | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:45 |
| 33 | Phendrana Drifts - Puzzle Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:45 |
| 34 | Glacier One - Intro | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:01 |
| 35 | Battle VS. Space Pirates | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:16 |
| 36 | Battle VS. Space Pirates (No Intro) | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:57 |
| 37 | Glacier One - Laboratory | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:58 |
| 38 | Battle Metroid Breakout/VS. Chozo Ghost | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:38 |
| 39 | Battle VS. Thardus | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:02 |
| 40 | Tallon Overworld - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 7:59 |
| 41 | Chozo Ruins - Hall of the Elders | 山本健誌 & 久馬浩一 | 2:32 |
| 42 | Missile Station | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:50 |
| 43 | Phendrana Drifts - Depths | 山本健誌 & 久馬浩一 | 5:42 |
| 44 | Crashed Frigate Orpheon - Ventilation Shaft | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:35 |
| 45 | Crashed Frigate Orpheon - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 7:48 |
| 46 | Phazon Mines - Intro | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:56 |
| 47 | Phazon Mines - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:53 |
| 48 | Omega Pirate - Intro | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:57 |
| 49 | Battle VS. Omega Pirate | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:20 |
| 50 | Chozo Artifact Temple - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:20 |
| 51 | Artifact Acquisition Fanfare | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:07 |
| 52 | Chozo Artifact Temple - Seal Release | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:37 |
| 53 | Impact Crater - Main Theme | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:38 |
| 54 | Battle VS. Metroid Prime - Exoskeleton | 山本健誌 & 久馬浩一 | 4:52 |
| 55 | Battle VS. Metroid Prime - Core | 山本健誌 & 久馬浩一 | 6:44 |
| 56 | Chozo Artifact Temple - Epilogue | 山本健誌 & 久馬浩一 | 1:00 |
| 57 | Chozo Artifact Temple - Epilogue (Short) | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:31 |
| 58 | Staff Credits | 山本健誌 & 久馬浩一 | 3:11 |
| 59 | End Jingle | 山本健誌 & 久馬浩一 | 0:11 |
| 60 | Mission Results - Record of Samus | 山本健誌 & 久馬浩一 | 6:59 |