| 1 | Banner | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:04 |
| 2 | Title Screen | 山本健誌 & 松岡大祐 | 5:07 |
| 3 | Menu (In The Cockpit) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:05 |
| 4 | Prologue (Theme of Samus) | 山本健誌 | 2:02 |
| 5 | Landing on SR388 | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:52 |
| 6 | Surface 1 (Ambience) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:15 |
| 7 | Item Room, Elevator | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:16 |
| 8 | Chozo Seal | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:01 |
| 9 | Surface 1 (Main Theme) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:07 |
| 10 | Metroid Appears | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:02 |
| 11 | Boss Battle 1 (Alpha Metroid) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:59 |
| 12 | Item Room | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:53 |
| 13 | Drained Caves 1 (Ambience) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 6:51 |
| 14 | Area 1 (Chozo Temple), Area 7 (Metroid Laboratory) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 6:17 |
| 15 | Watery Caves | 山本健誌 & 松岡大祐 | 5:29 |
| 16 | Boss Battle 1 (Evolved Alpha Metroid) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:50 |
| 17 | Area 2 (Hydro Plant) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:54 |
| 18 | Diggernaut Reactivated | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:53 |
| 19 | Boss Battle 3 (Arachnus) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:55 |
| 20 | Area 2 (Submerged Chozo Ruins) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 4:20 |
| 21 | Area 2 (Lava Caves ~ Magmoor Caverns) | 山本健誌 | 4:32 |
| 22 | Boss Battle 2 (Gamma Metroid) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:22 |
| 23 | Area 3 (Mining Facility) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 6:23 |
| 24 | Area 3 (Factory) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:40 |
| 25 | Area 3 (Ancient Chozo Ruins) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 5:35 |
| 26 | Area 4 (Crystal Mine) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:38 |
| 27 | Diggernaut Chase | 山本健誌 & 松岡大祐 | 1:46 |
| 28 | Boss Battle 4 (Zeta Metroid) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:04 |
| 29 | Area 5 (Jungle Caves) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 4:06 |
| 30 | Area 5 (Jungle Temple ~ Lower Brinstar) | 山本健誌 | 6:01 |
| 31 | Area 5 (Ancient Chozo Ruins) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:29 |
| 32 | Area 6 (Sandy Caves) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:19 |
| 33 | Area 6 (Flooded Caves) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:17 |
| 34 | Boss Battle 5 (Omega Metroid) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:09 |
| 35 | Drained Caves 2 (Tension) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:39 |
| 36 | Boss Battle 6 (Diggernaut) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 4:59 |
| 37 | Area 7 (Chozo Laboratory) | 松岡大祐 | 3:48 |
| 38 | Area 8 (Lower) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:31 |
| 39 | Area 8 (Metroid Nest) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 5:38 |
| 40 | Area 8 (Queen's Lair) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:40 |
| 41 | Boss Battle 7 (Queen Metroid) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 4:05 |
| 42 | The Metroid Hatchling | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:47 |
| 43 | Surface 2 (Crateria Raining) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:16 |
| 44 | Boss Battle 8 (Proteus Ridley 1) | 山本健誌 | 2:35 |
| 45 | Boss Battle 8 (Proteus Ridley 2) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:32 |
| 46 | Boss Battle 8 (Proteus Ridley 3) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:29 |
| 47 | Mission Complete | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:53 |
| 48 | Staff Roll | 山本健誌 & 松岡大祐 | 3:52 |
| 49 | End Results (Brinstar) | 山本健誌 & 松岡大祐 | 2:54 |
| 50 | Chozo Gallery Completed | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:43 |
| 51 | Samus Aran Appearance Fanfare | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:06 |
| 52 | Item Obtainment Jingle | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:06 |
| 53 | Tank Obtainment Jingle | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:05 |
| 54 | Aeion Ability Obtainment Jingle | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:07 |
| 55 | Chozo Seal Unlocked | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:10 |
| 56 | Event Jingle | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:05 |
| 57 | Samus Aran's Final Cry | 山本健誌 & 松岡大祐 | 0:07 |